Procesul de iniţiere şi de diferenţiere a mugurilor de rod are loc după inducţia antogenă. Diferenţierea mugurilor de rod este evidenţiată de apariţia primordiilor florale care se formează într-o anumită ordine, şi anume, mai întâi pe conul de creştere se formează protuberanţe.
Ca perioadă de timp, această fază corespunde lunii iulie, la măr. Deci, diferenţierea începe în a doua jumătate a verii, se desfăşoară din plin până în octombrie (2,5-3,5 luni) şi se continuă în cursul perioadei de repaus. Numărul de protuberanţe apărute pe conul de creştere este egal cu numărul de flori ce se formează dintr-un mugur.
În cursul verii şi în toamnă, protuberanţele se alungesc sub formă de cilindrii. Pe partea superioară a cilindrului se formează un val circular care în final arată ca o cupă. Pe marginile cupei apar cinci lobi, ce alcătuiesc sepalele iar în mijlocul sepalelor şi între ele se formează alţi cinci lobi care alcătuiesc petalele. În interiorul corolei apar apoi 20-40 de protuberanţe, dispuse sub formă de şah pe cercuri concentrice (câte 5-10 pe un cerc) din care se vor dezvolta staminele. Partea centrală a florii este ocupată de un mamelon (la drupacee) sau cinci mameloane (la pomacee) cele care vor da naştere pistilelor.
Diferenţierea organelor de reproducere are loc pe parcursul iernii şi a primăverii până imediat înainte de începutul înfloritului.
